Ипатьевская икона Божией Матери, хранящаяся в монастыре, относится к числу наиболее чтимых святынь костромской земли. Икона является точной копией чудотворной Тихвинской иконы Божией Матери и, по преданию, написана святителем Петром, митрополитом Московским.

Впервые принесена в Кострому в 1613 году посольством Земского Собора, возвестившим юному боярину Михаилу Феодоровичу Романову о его избрании на всероссийский царский престол. В 1619 году была подарена царем Михаилом обители и на протяжении веков пребывала в иконостасе Троицкого собора. Вместе с чудотворной Феодоровской иконой Божией Матери Ипатьевская икона принимала участие в ежегодных общегородских крестных ходах из Успенского кафедрального собора к храму Спаса Нерукотворного на Запрудне.

В 1919 году икона была изъята у Церкви и на долгие годы стала недоступна для поклонения верующих. 13 апреля 2004 года, в день памяти небесного покровителя обители – священномученика Ипатия Гангрского – святыня была возвращена Костромской епархии и вернулась на свое историческое место.